La crypte
La crypte se trouve sous le chœur. La similarité et la régularité de la construction entre la crypte et le chœur indiquent que cette partie de l’édifice a été construit lors d’une seule campagne. Le plan de la crypte est similaire au plan du chœur en une salle centrale de trois travées, séparée en deux rangées par trois colonnes monolithiques et se terminant par une abside percée de baies au niveau des cinq pans. Les baies ébrasées assurent la luminosité du lieu. Les collatéraux simples, se terminant par des pans droits également éclairés par une baie, entourent la salle principale. La crypte est donc semi-enterrée, profitant de la pente du terrain. Elle permet de donner une stabilité au chevet de l’église, qui est renforcée par la présence des colonnes dans la salle centrale.
De l’extérieur, l’accès à la crypte se fait actuellement par une porte située dans le collatéral nord. Présente dès la construction, il est probable que cet accès permettait la communication avec les bâtiments monastiques. Initialement, l'accès se faisait de l’intérieur de l’église, depuis les collatéraux. Ces escaliers, bouchés lors des travaux du XVIIIe siècle, se trouvaient à 1,90 m de hauteur dans le mur occidental de la crypte. La présence de gonds dans les montants des portes indique que l’accès de la crypte pouvait être clos. Les marches sont abîmées ce qui prouve qu’ils ont été utilisés. Néanmoins les parties basses des escaliers sont inconnues. De même, les fondations débordantes gênent la circulation dans la crypte, notamment entre les collatéraux et la salle centrale. Il se peut que le niveau du sol ait été plus élevé.
Les voûtes d’ogives, présentes dans toute la crypte, sont à pans coupés ou ont un profil d’amande. Elles retombent sur des piliers de formes différentes. Certains se composent d’un noyau muni de colonnes engagées, d’autres ont des angles rentrants et des colonnettes correspondant à la nervure des voûtes. Dans l’abside, des colonnes engagées sont également présentes au niveau de contrefort extérieurs. La présence de moulures identiques assure la transition visuelle entre les chapiteaux et les nervures des voûtes. La multiplication des colonnes, les socles, les bases des chapiteaux travaillés et les colonnes monolithiques accentuent la monumentalité de la crypte.
Seuls les chapiteaux et les socles ont un décor sculpté. Les chapiteaux sont tous à crochets, composés de feuilles lisses ou côtelées se terminant par des boules ou des volutes, typique des années 1170-1190. Il y a aussi des chapiteaux munis de feuilles polylobées se superposant aux feuilles portant les crochets, très courant dès 1170. Les bases se composent d’un tore supérieur arrondi et régulier, avec une scotie profonde bordée de filets et un tore inférieur en forte saillie par rapport à la plinthe. Quasiment toutes les bases sauf celles des colonnes monolithiques portent des griffes aux angles. Le décor se limitant à ces éléments donnent une certaine simplicité à la crypte.
Parmi les éléments remarquables, la crypte abrite deux gisants du XIIIe siècle : Odon IV, seigneur de Ham, et sa femme, Isabelle de Béthencourt.
Ils ont été tous les deux fait l'objet d'une modélisation.
Les sources ne mentionnent pas de vénération de reliques, comme c’est le cas à Saint-Quentin pour Saint-Vaneng. Néanmoins, la présence de piscines au nombre de 7, desservant 3 autels, laisse penser que des offices y étaient célébrés.