Ils regroupent les représentants des personnels (enseignants- chercheurs et BIATOSS) élus pour quatre ans, les représentants des étudiants élus pour deux ans, ainsi que des personnalités extérieures élues pour deux ans.
Les membres des trois conseils sont élus par les différents collèges de l'ensemble des usagers et personnels de l'université.
Chaque conseil, sur proposition du président de l'université, élit en son sein 2 vice-présidents et dispose statutairement de commissions permanentes qui préparent son travail.